索引

A

abs_size (sponge.function.Energy property) abs_size() (sponge.function.Length 方法) acceleration_ref (sponge.function.Units property)

add_atom() (sponge.system.Residue 方法) add_residue() (sponge.system.Molecule 方法) append() (sponge.system.Molecule 方法) avogadro (sponge.function.Units property)

B

bias (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) bias_function (sponge.core.RunOneStepCell property) bias_names (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) bias_pace() (sponge.core.WithEnergyCell 方法) biases (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) boltzmann (sponge.control.Controller property) (sponge.function.Units property) (sponge.optimizer.Updater property) boltzmann_def (sponge.function.Units property) broadcast_multiplicity() (sponge.system.Residue 方法)

build_angle() (sponge.system.Molecule 方法) build_atom_charge() (sponge.system.Molecule 方法) (sponge.system.Residue 方法) build_atom_mass() (sponge.system.Residue 方法) build_atom_type() (sponge.system.Molecule 方法) (sponge.system.Residue 方法) build_atomic_number() (sponge.system.Residue 方法) build_bond() (sponge.system.Residue 方法) build_dihedrals() (sponge.system.Molecule 方法) build_h_bonds() (sponge.system.Molecule 方法) build_improper() (sponge.system.Molecule 方法) build_settle() (sponge.system.Residue 方法) build_space() (sponge.system.Molecule 方法) build_system() (sponge.system.Molecule 方法)

C

calc_biases() (sponge.core.WithEnergyCell 方法) calc_colvar() (sponge.system.Molecule 方法) calc_energies() (sponge.core.WithEnergyCell 方法) calc_image() (sponge.system.Molecule 方法) calc_vector_default() (sponge.function.GetVector 方法) calc_vector_nopbc() (sponge.function.GetVector 方法) calc_vector_pbc() (sponge.function.GetVector 方法) change_unit() (sponge.function.Energy 方法) (sponge.function.Length 方法) check_system (sponge.potential.EnergyCell property) convert_energy_from() (sponge.function.Units 方法) (sponge.potential.EnergyCell 方法)

convert_energy_to() (sponge.function.Units 方法) (sponge.potential.EnergyCell 方法) convert_length_from() (sponge.function.Units 方法) (sponge.system.Molecule 方法) convert_length_to() (sponge.function.Units 方法) (sponge.system.Molecule 方法) coordinate_in_pbc() (sponge.system.Molecule 方法) copy() (sponge.system.Molecule 方法) coulomb (sponge.function.Units property) cutoff (sponge.core.WithEnergyCell property)

D

decay_and_scale_grad() (sponge.optimizer.Updater 方法)

E

energies (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) energy() (sponge.function.Units 方法) energy_cutoff (sponge.core.RunOneStepCell property) energy_names (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) (sponge.potential.PotentialCell property)

energy_ref (sponge.function.Units property) energy_unit (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) (sponge.function.Units property) (sponge.potential.EnergyCell property) energy_unit_name (sponge.function.Units property) exclude_index (sponge.potential.PotentialCell property)

F

fill_water() (sponge.system.Molecule 方法) force_cutoff (sponge.core.RunOneStepCell property)

force_ref (sponge.function.Units property) force_unit (sponge.function.Units property) force_unit_name (sponge.function.Units property)

G

gas_constant (sponge.function.Units property) get_atoms() (sponge.system.Molecule 方法) get_boltzmann() (sponge.function.Units 方法) get_com() (sponge.control.Controller 方法) get_com_velocity() (sponge.control.Controller 方法) get_coordinate() (sponge.system.Molecule 方法) get_coulomb() (sponge.function.Units 方法) get_dt() (sponge.optimizer.Updater 方法) get_kinetics() (sponge.control.Controller 方法) (sponge.optimizer.Updater 方法)

get_neighbour_list() (sponge.core.WithEnergyCell 方法) get_pbc_box() (sponge.system.Molecule 方法) get_pressure() (sponge.control.Controller 方法) (sponge.optimizer.Updater 方法) get_temperature() (sponge.control.Controller 方法) (sponge.optimizer.Updater 方法) get_velocity() (sponge.optimizer.Updater 方法) get_volume() (sponge.control.Controller 方法) (sponge.system.Molecule 方法)

H

heavy_atom_mask (sponge.system.Molecule property)

K

kinetic_ref (sponge.function.Units property)

L

length() (sponge.function.Units 方法) length_ref (sponge.function.Units property) length_unit (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) (sponge.function.Units property) (sponge.potential.EnergyCell property) (sponge.system.Molecule property)

length_unit_name (sponge.function.Units property)

M

mindsponge.cell.Attention (內置类) mindsponge.cell.GlobalAttention (內置类) mindsponge.cell.InvariantPointAttention (內置类) mindsponge.cell.MSAColumnAttention (內置类) mindsponge.cell.MSAColumnGlobalAttention (內置类) mindsponge.cell.MSARowAttentionWithPairBias (內置类) mindsponge.cell.OuterProductMean (內置类) mindsponge.cell.Transition (內置类) mindsponge.cell.TriangleAttention (內置类) mindsponge.cell.TriangleMultiplication (內置类) mindsponge.common.apply_to_point() 內置函数 mindsponge.common.find_optimal_renaming() 內置函数 mindsponge.common.get_aligned_seq() 內置函数 mindsponge.common.get_fasta_info() 內置函数 mindsponge.common.get_pdb_info() 內置函数 mindsponge.common.initial_affine() 內置函数 mindsponge.common.invert_point() 內置函数 mindsponge.common.invert_rigids() 內置函数 mindsponge.common.invert_rots() 內置函数 mindsponge.common.make_atom14_positions() 內置函数 mindsponge.common.make_transform_from_reference() 內置函数 mindsponge.common.pre_compose() 內置函数 mindsponge.common.quat_affine() 內置函数 mindsponge.common.quat_multiply_by_vec() 內置函数 mindsponge.common.quat_to_rot() 內置函数 mindsponge.common.quaternion_from_tensor() 內置函数 mindsponge.common.quaternion_to_tensor() 內置函数 mindsponge.common.rigids_from_3_points() 內置函数 mindsponge.common.rigids_mul_rigids() 內置函数 mindsponge.common.rigids_mul_rots() 內置函数 mindsponge.common.rigids_mul_vecs() 內置函数 mindsponge.common.rots_expand_dims() 內置函数 mindsponge.common.rots_from_tensor() 內置函数 mindsponge.common.rots_from_two_vecs() 內置函数

mindsponge.common.rots_mul_rots() 內置函数 mindsponge.common.rots_mul_vecs() 內置函数 mindsponge.common.rots_scale() 內置函数 mindsponge.common.rots_to_tensor() 內置函数 mindsponge.common.vecs_cross_vecs() 內置函数 mindsponge.common.vecs_dot_vecs() 內置函数 mindsponge.common.vecs_expand_dims() 內置函数 mindsponge.common.vecs_from_tensor() 內置函数 mindsponge.common.vecs_robust_norm() 內置函数 mindsponge.common.vecs_robust_normalize() 內置函数 mindsponge.common.vecs_scale() 內置函数 mindsponge.common.vecs_sub() 內置函数 mindsponge.common.vecs_to_tensor() 內置函数 mindsponge.data_transform.atom37_to_frames() 內置函数 mindsponge.data_transform.atom37_to_torsion_angles() 內置函数 mindsponge.metrics.backbone() 內置函数 mindsponge.metrics.BalancedMSE (內置类) mindsponge.metrics.between_residue_bond() 內置函数 mindsponge.metrics.between_residue_clash() 內置函数 mindsponge.metrics.BinaryFocal (內置类) mindsponge.metrics.compute_renamed_ground_truth() 內置函数 mindsponge.metrics.frame_aligned_point_error() 內置函数 mindsponge.metrics.frame_aligned_point_error_map() 內置函数 mindsponge.metrics.get_structural_violations() 內置函数 mindsponge.metrics.local_distance_difference_test() 內置函数 mindsponge.metrics.MultiClassFocal (內置类) mindsponge.metrics.sidechain() 內置函数 mindsponge.metrics.supervised_chi() 內置函数 mindsponge.metrics.within_residue_violations() 內置函数 move() (sponge.system.Molecule 方法)

N

name (sponge.potential.EnergyCell property) (sponge.system.Residue property) ndim (sponge.system.Molecule property) neighbour_list_pace (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property)

next_step() (sponge.optimizer.Updater 方法) num_biases (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) num_energies (sponge.core.RunOneStepCell property) (sponge.core.WithEnergyCell property) (sponge.potential.PotentialCell property)

P

press_unit_scale (sponge.optimizer.Updater property)

pressure_ref (sponge.function.Units property)

R

reduplicate() (sponge.system.Molecule 方法) ref (sponge.function.Energy property) (sponge.function.Length property) repeat_box() (sponge.system.Molecule 方法)

residue_bond() (sponge.system.Molecule 方法) residue_coordinate() (sponge.system.Molecule 方法) residue_head() (sponge.system.Molecule 方法) residue_index() (sponge.system.Molecule 方法) residue_tail() (sponge.system.Molecule 方法)

S

set_atom_charge() (sponge.system.Molecule 方法) set_bond_length() (sponge.system.Molecule 方法) set_coordianate() (sponge.system.Molecule 方法) set_cutoff() (sponge.potential.EnergyCell 方法) set_degrees_of_freedom() (sponge.control.Controller 方法) (sponge.optimizer.Updater 方法) set_energy_unit() (sponge.function.Units 方法) set_exclude_index() (sponge.potential.PotentialCell 方法) set_input_unit() (sponge.potential.EnergyCell 方法) set_length_unit() (sponge.function.Units 方法) (sponge.system.Molecule 方法) set_name() (sponge.system.Residue 方法) set_pbc() (sponge.function.GetVector 方法) (sponge.potential.EnergyCell 方法) (sponge.potential.PotentialCell 方法) set_pbc_box() (sponge.system.Molecule 方法) set_pbc_grad() (sponge.core.RunOneStepCell 方法) (sponge.core.WithEnergyCell 方法) (sponge.system.Molecule 方法) set_start_index() (sponge.system.Residue 方法) set_step() (sponge.optimizer.Updater 方法) set_steps() (sponge.core.RunOneStepCell 方法) set_temperature() (sponge.function.VelocityGenerator 方法) set_time_step() (sponge.control.Controller 方法) set_units() (sponge.function.Units 方法) (sponge.potential.EnergyCell 方法) shape (sponge.system.Molecule property) space_parameters() (sponge.system.Molecule 方法) sponge.control.Controller (內置类) sponge.core.RunOneStepCell (內置类) sponge.core.WithEnergyCell (內置类) sponge.function.calc_angle() 內置函数 sponge.function.calc_angle_by_vectors() 內置函数 sponge.function.calc_angle_nopbc() 內置函数 sponge.function.calc_angle_pbc() 內置函数 sponge.function.calc_distance() 內置函数 sponge.function.calc_distance_nopbc() 內置函数 sponge.function.calc_distance_pbc() 內置函数 sponge.function.calc_torsion() 內置函数 sponge.function.calc_torsion_by_vectors() 內置函数 sponge.function.calc_torsion_nopbc() 內置函数 sponge.function.calc_torsion_pbc() 內置函数 sponge.function.calc_vector() 內置函数

sponge.function.calc_vector_nopbc() 內置函数 sponge.function.calc_vector_pbc() 內置函数 sponge.function.Energy (內置类) sponge.function.energy_convert() 內置函数 sponge.function.gather_value() 內置函数 sponge.function.gather_vector() 內置函数 sponge.function.get_energy_ref() 內置函数 sponge.function.get_energy_unit() 內置函数 sponge.function.get_energy_unit_name() 內置函数 sponge.function.get_integer() 內置函数 sponge.function.get_length_ref() 內置函数 sponge.function.get_length_unit() 內置函数 sponge.function.get_length_unit_name() 內置函数 sponge.function.get_ndarray() 內置函数 sponge.function.GetDistance (內置类) sponge.function.GetDistanceShift (內置类) sponge.function.GetShiftGrad (內置类) sponge.function.GetVector (內置类) sponge.function.Length (內置类) sponge.function.length_convert() 內置函数 sponge.function.pbc_box_reshape() 內置函数 sponge.function.pbc_image() 內置函数 sponge.function.set_global_energy_unit() 內置函数 sponge.function.set_global_length_unit() 內置函数 sponge.function.set_global_units() 內置函数 sponge.function.Units (內置类) sponge.function.vector_in_pbc() 內置函数 sponge.function.VelocityGenerator (內置类) sponge.optimizer.Updater (內置类) sponge.potential.EnergyCell (內置类) sponge.potential.PotentialCell (內置类) sponge.system.Molecule (內置类) sponge.system.Residue (內置类)

T

trainable_params() (sponge.system.Molecule 方法)

U

unit (sponge.function.Energy property) (sponge.function.Length property) unit_name (sponge.function.Energy property) (sponge.function.Length property) update_bias() (sponge.core.RunOneStepCell 方法) (sponge.core.WithEnergyCell 方法) update_coordinate() (sponge.control.Controller 方法) (sponge.optimizer.Updater 方法) (sponge.system.Molecule 方法) update_image() (sponge.system.Molecule 方法) update_kinetics() (sponge.optimizer.Updater 方法) update_modifier() (sponge.core.RunOneStepCell 方法)

update_neighbour_list() (sponge.core.RunOneStepCell 方法) (sponge.core.WithEnergyCell 方法) update_pbc_box() (sponge.control.Controller 方法) (sponge.optimizer.Updater 方法) (sponge.system.Molecule 方法) update_pressure() (sponge.optimizer.Updater 方法) update_temperature() (sponge.optimizer.Updater 方法) update_velocity() (sponge.optimizer.Updater 方法) update_virial() (sponge.optimizer.Updater 方法) update_wrapper() (sponge.core.RunOneStepCell 方法) (sponge.core.WithEnergyCell 方法) use_pbc (sponge.function.GetVector property) (sponge.potential.EnergyCell property)

V

value (sponge.function.Energy property) (sponge.function.Length property) velocity_unit (sponge.function.Units property)

velocity_unit_name (sponge.function.Units property) volume_unit (sponge.function.Units property) volume_unit_name (sponge.function.Units property)

內

內置函数 mindsponge.common.apply_to_point() mindsponge.common.find_optimal_renaming() mindsponge.common.get_aligned_seq() mindsponge.common.get_fasta_info() mindsponge.common.get_pdb_info() mindsponge.common.initial_affine() mindsponge.common.invert_point() mindsponge.common.invert_rigids() mindsponge.common.invert_rots() mindsponge.common.make_atom14_positions() mindsponge.common.make_transform_from_reference() mindsponge.common.pre_compose() mindsponge.common.quat_affine() mindsponge.common.quat_multiply_by_vec() mindsponge.common.quat_to_rot() mindsponge.common.quaternion_from_tensor() mindsponge.common.quaternion_to_tensor() mindsponge.common.rigids_from_3_points() mindsponge.common.rigids_mul_rigids() mindsponge.common.rigids_mul_rots() mindsponge.common.rigids_mul_vecs() mindsponge.common.rots_expand_dims() mindsponge.common.rots_from_tensor() mindsponge.common.rots_from_two_vecs() mindsponge.common.rots_mul_rots() mindsponge.common.rots_mul_vecs() mindsponge.common.rots_scale() mindsponge.common.rots_to_tensor() mindsponge.common.vecs_cross_vecs() mindsponge.common.vecs_dot_vecs() mindsponge.common.vecs_expand_dims() mindsponge.common.vecs_from_tensor() mindsponge.common.vecs_robust_norm() mindsponge.common.vecs_robust_normalize() mindsponge.common.vecs_scale() mindsponge.common.vecs_sub() mindsponge.common.vecs_to_tensor() mindsponge.data_transform.atom37_to_frames() mindsponge.data_transform.atom37_to_torsion_angles() mindsponge.metrics.backbone() mindsponge.metrics.between_residue_bond() mindsponge.metrics.between_residue_clash() mindsponge.metrics.compute_renamed_ground_truth() mindsponge.metrics.frame_aligned_point_error() mindsponge.metrics.frame_aligned_point_error_map() mindsponge.metrics.get_structural_violations() mindsponge.metrics.local_distance_difference_test() mindsponge.metrics.sidechain() mindsponge.metrics.supervised_chi() mindsponge.metrics.within_residue_violations() sponge.function.calc_angle() sponge.function.calc_angle_by_vectors() sponge.function.calc_angle_nopbc() sponge.function.calc_angle_pbc() sponge.function.calc_distance() sponge.function.calc_distance_nopbc() sponge.function.calc_distance_pbc() sponge.function.calc_torsion() sponge.function.calc_torsion_by_vectors() sponge.function.calc_torsion_nopbc() sponge.function.calc_torsion_pbc() sponge.function.calc_vector() sponge.function.calc_vector_nopbc() sponge.function.calc_vector_pbc() sponge.function.energy_convert() sponge.function.gather_value() sponge.function.gather_vector() sponge.function.get_energy_ref() sponge.function.get_energy_unit() sponge.function.get_energy_unit_name() sponge.function.get_integer() sponge.function.get_length_ref() sponge.function.get_length_unit() sponge.function.get_length_unit_name() sponge.function.get_ndarray() sponge.function.length_convert() sponge.function.pbc_box_reshape() sponge.function.pbc_image() sponge.function.set_global_energy_unit() sponge.function.set_global_length_unit() sponge.function.set_global_units() sponge.function.vector_in_pbc()