sponge.core.WithEnergyCell
- class sponge.core.WithEnergyCell(system: Molecule, potential: PotentialCell, bias: Union[Bias, List[Bias]] = None, cutoff: float = None, neighbour_list: NeighbourList = None, wrapper: EnergyWrapper = None, **kwargs)[源代码]
用势能函数封装仿真系统的神经网络层。 该神经网络层用于计算并返回系统在当前坐标处的势能值。
- 参数：
system (Molecule) - 仿真系统。
potential (PotentialCell) - 势能函数层。
bias (Union[Bias, List[Bias]]) - 偏差势能函数层。默认值：”None”。
cutoff (float) - 邻居列表的截断距离。如果为None，则将其赋值为势能的截止值。默认值：”None”。
neighbour_list (NeighbourList) - 邻居列表。默认值：”None”。
wrapper (EnergyWrapper) - 包裹和处理势和偏差的网络。默认值：”None”。
kwargs (dict) - 其他参数。
- 输入：
*inputs (Tuple(Tensor)) - ‘WithEnergyCell’的输入Tensor对。
- 输出：
整个系统的势能, shape为 (B, 1) 的Tensor。数据类型为float。
说明
B: batch size，比如分子模拟中walker的数量。 A: 分子模拟中原子的数量。 N: 最大相邻原子数。 U: 势能项的数量。 V: bias potential项的数量。
- 支持平台：
AscendGPU
- property bias
整体偏置势的Tensor。
- 返回：
Tensor，shape为 (B, 1) ，数据类型为float。
- property bias_names
偏置势能的名字。
- 返回：
list[str]，偏置势能的名字列表。
- property biases
偏置势分量的Tensor。
- 返回：
偏置势分量的Tensor。shape为 (B, V) ，数据类型为float。
- property cutoff
邻居列表的截断距离。
- 返回：
Tensor，截断距离。
- property energies
势能分量的Tensor。
- 返回：
势能分量的Tensor，shape为 (B, U) ，数据类型为float。
- property energy_names
能量项的名字。
- 返回：
list[str]，能量项的名字列表。
- property energy_unit
能量单位。
- 返回：
str，能量单位。
- get_neighbour_list()[源代码]
获取邻居列表。
- 返回：
neigh_idx，系统中每个原子邻近原子的目录。shape为 (B, A, N) 的Tensor，数量类型为int。
neigh_mask，neigh_idx的掩码。shape为 (B, A, N) 的Tensor，数量类型为bool。
- property length_unit
长度单位。
- 返回：
str，长度单位。
- property neighbour_list_pace
邻居列表的更新步长。
- 返回：
int，更新步长。
- property num_biases
偏置势能 \(V\) 的数量。
- 返回：
int，偏置势能的数量。
- property num_energies
能量项 \(U\) 的数量。
- 返回：
int，能量项的数量。