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sponge.control.Langevin

class sponge.control.Langevin(system: :class:`sponge.system.Molecule`, temperature: float = 300.0, control_step=1, time_constant=0.5, seed=0, seed2=0, **kwargs)

Langevin恒温控制器。

参考文献 Goga, N.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C.. Efficient Algorithms for Langevin and DPD Dynamics. Journal of Chemical Theory and Computation, 2012, 8(10)

参数：

• system (sponge.system.Molecule) - 模拟系统。

• temperature (float, 可选) - 温度耦合的参考温度 $T_{r}ef$ ，单位为开尔文。默认值： 300.0。

• control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值： 1。

• time_constant (float, 可选) - 温度耦合的时间常数 ${\tau }_T$ 。单位为皮秒。默认值： 0.2。

• seed (int, 可选) - 标准常态的随机种子。默认值： 0。

• seed2 (int, 可选) - 标准常态的随机种子2。默认值： 0。

• kwargs - 关键字参数。

输入：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。这里 $B$ 是分子模拟中walker的数目， $A$ 是原子数目， $D$ 是模拟系统的空间维数，通常为3。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 $(B,1)$ 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里应力。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• step (int) - 模拟步数。默认值： 0。

输出：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 $(B,1)$ 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge import Molecule
>>> from sponge.control import Langevin
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> controller = Langevin(system)

set_time_step(dt)

设置模拟单步时间。

参数：

• dt (float) - 单步时间所需时间。