sponge.control.Langevin
- class sponge.control.Langevin(system: :class:`sponge.system.Molecule`, temperature: float = 300.0, control_step=1, time_constant=0.5, seed=0, seed2=0, **kwargs)[源代码]
Langevin恒温控制器。
参考文献 Goga, N.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C.. Efficient Algorithms for Langevin and DPD Dynamics. Journal of Chemical Theory and Computation, 2012, 8(10)
- 参数：
system (
sponge.system.Molecule) - 模拟系统。temperature (float, 可选) - 温度耦合的参考温度 \(T_ref\) ，单位为开尔文。默认值：
300.0。control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值：
1。time_constant (float, 可选) - 温度耦合的时间常数 \(\tau_T\) 。单位为皮秒。默认值：
0.2。seed (int, 可选) - 标准常态的随机种子。默认值：
0。seed2 (int, 可选) - 标准常态的随机种子2。默认值：
0。kwargs - 关键字参数。
- 输入：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里应力。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
step (int) - 模拟步数。默认值：
0。
- 输出：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
- 支持平台：
AscendGPU
样例：
>>> from sponge import Molecule >>> from sponge.control import Langevin >>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml') >>> controller = Langevin(system)