sponge.control.Constraint

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class sponge.control.Constraint(system: :class:`sponge.system.Molecule`, **kwargs)[源代码]

MindSPONGE中约束模块的基类。是 sponge.control.Controller 的子类。

sponge.control.Constraint 是用来设置化学键约束的模块。它的主要功能是在模拟过程中控制原子坐标、原子速度、原子力和维里。

参数：
输入：

  • coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。

  • velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • step (int) - 模拟步数。默认值： 0。

输出：

  • coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge import Molecule
>>> from sponge.control import Constraint
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> controller = Constraint(system)