sponge.control.BerendsenBarostat

class sponge.control.BerendsenBarostat(system: :class:`sponge.system.Molecule`, pressure: float = 1, anisotropic: bool = False, control_step: int = 1, compressibility: float = 4.6e-5, time_constant: float = 1., **kwargs)

Berendsen(弱耦合)气压调节器，是 sponge.control.Barostat 的子类。

参考文献 Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R.. Molecular Dynamics with Coupling to an External Bath. The Journal of Chemical Physics, 1984, 81.

参数：

• system (:class: sponge.system.Molecule) - 模拟系统。

• pressure (float, 可选) - 压力耦合参考压力 \(P_ref\) 。单位是 \(bar\) 。默认值： 1.0。

• anisotropic (bool, 可选) - 是否执行各向异性压力控制。默认值： False 。

• control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值： 1。

• compressibility (float, 可选) - 等温压缩率 \(\beta\) 。单位是 \(bar^{-1}\) 。默认值： 4.6e-5。

• time_constant (float, 可选) - 压力耦合的时间常数 \(\tau_p\) 。单位是皮秒。默认值： 1.0。

• kwargs (dict) - 关键字参数。

输入：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• step (int) - 模拟步数。默认值： 0。

输出：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge import Molecule
>>> from sponge.control import BerendsenBarostat
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> controller = BerendsenBarostat(system)

set_time_step(dt)

设置模拟单步时间。

参数：

• dt (float) - 单步所需时间。

返回：

sponge.control.BerendsenBarostat，当前气压调节器。