sponge.colvar
接口名 |
概述 |
支持平台 |
模拟系统的所有原子。 |
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特定原子组的基类,用作MindSPONGE中的“原子组模块”。 |
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Atoms Cell是AtomsBase的一个子类,它使用原子索引数组进行初始化。 |
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Atoms Cell 的批处理版本。 |
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特定原子的中心。 |
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原子组。 |
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固定位置的虚拟原子。 |
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具有批处理坐标的固定位置的虚拟原子。 |
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特定原子或虚拟原子之间的向量。 |
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角度的集合变量。 |
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常量值。 |
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距离的集合变量。 |
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扭转角(二面角)的集合变量。 |
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模拟系统的体积。 |
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一组 Colvar |
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参见 CombineCV。 |
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集合变量(CVs)的余弦值 |
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组合一组集合变量(CVs)的复合 Colvar |
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集合变量(CVs)的正弦值 |
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使用特定函数 |
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广义集合变量(Collective Variables, CVs)基类 |
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将一组 Colvar 类连接成一个 Colvar 类。 |
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获取集合变量组。 |
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获取原子或组。 |
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