接口名 |
概述 |
支持平台 |
sponge.colvar.AllAtoms
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模拟系统的所有原子。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.AtomsBase
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特定原子组的基类，用作MindSPONGE中的“原子组模块”。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Atoms
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Atoms Cell是AtomsBase的一个子类，它使用原子索引数组进行初始化。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.BatchedAtoms
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Atoms Cell 的批处理版本。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Center
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特定原子的中心。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Group
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原子组。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Position
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固定位置的虚拟原子。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.BatchedPosition
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具有批处理坐标的固定位置的虚拟原子。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Vector
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特定原子或虚拟原子之间的向量。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Angle
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角度的集合变量。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.ConstantValue
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常量值。 |
Ascend GPU CPU
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sponge.colvar.Distance
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距离的集合变量。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Torsion
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扭转角(二面角)的集合变量。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Volume
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模拟系统的体积。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.CombineCV
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一组 Colvar \({s_i}\) 与shape为 (S_1， S_2， ...， S_n) 的多项式组合。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.ColvarCombine
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参见 CombineCV。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.CosCV
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集合变量(CVs)的余弦值 \(s(R)\)。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.FunctionCV
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组合一组集合变量（CVs）的复合 Colvar \({s_i(R)}\) 使用自定义函数 \(f(s_1(R), s_2(R), ..., s_i(R))\)。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.SinCV
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集合变量（CVs）的正弦值 \(s(R)\)。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.TransformCV
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使用特定函数 \(f(x)\) 转换集合变量 \(s(R)\) 的值。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.Colvar
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广义集合变量(Collective Variables, CVs)基类 \(s(R)\)。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.ColvarGroup
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将一组 Colvar 类连接成一个 Colvar 类。 |
Ascend GPU
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sponge.colvar.get_colvar
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获取集合变量组。 |
Ascend GPU CPU
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sponge.colvar.get_atoms
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获取原子或组。 |
Ascend GPU CPU
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