sponge.control.Barostat
- class sponge.control.Barostat(system: :class:`sponge.system.Molecule`, pressure: float = 1, anisotropic: bool = False, control_step: int = 1, compressibility: float = 4.6e-5, time_constant: float = 1., **kwargs)[源代码]
MindSPONGE中压力耦合器的气压调节器的基类，是
sponge.controller.Controller的基类。sponge.controller.Barostat模块用于压力耦合，它的功能是在模拟过程中控制原子的坐标和周期性边界条件盒子（PBC box）的大小。- 参数：
system (:class: sponge.system.Molecule) - 模拟系统。
pressure (float, 可选) - 压力耦合参考压力 \(P_ref\) 。单位是 \(bar\) 。默认值：
1.0。anisotropic (bool, 可选) - 是否执行各向异性压力控制。默认值：
False。control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值：
1。compressibility (float, 可选) - 等温压缩率 \(\beta\) 。单位是 \(bar^{-1}\) 。默认值：
4.6e-5。time_constant (float, 可选) - 压力耦合的时间常数。默认值：
1.0。kwargs (dict) - 关键字参数。
- 输入：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里应力。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
step (int) - 模拟步数。默认值：
0。
- 输出：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
- 支持平台：
AscendGPU
样例：
>>> from sponge import Molecule >>> from sponge.control import Barostat >>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml') >>> controller = Barostat(system)
- compressibility()
等温压缩率。
- 返回：
Tensor，等温压缩率。
- property pressure
参考压力。
- 返回：
Tensor。参考压力。
- pressure_scale(sim_press: Tensor, ref_press: Tensor, ratio: float = 1.0)[源代码]
计算压力耦合器的坐标缩放因子。
- 参数：
sim_press (Tensor) - 模拟压力。
ref_press (Tensor) - 参考压力。
ratio (float) - 压力耦合的比率。默认值：
1.0。
- 返回：
Tensor，压力耦合的坐标缩放因子。
- reconstruct_pressure(pressure: Union[float, ndarray, Tensor, List[float]])[源代码]
重置参考压力。
- 参数：
pressure (Union[float, ndarray, Tensor, List[float]]) - 压力。
- 返回：
sponge.control.Barostat。当前的压力耦合器。