sponge.control.Lincs

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class sponge.control.Lincs(system: :class:`sponge.system.Molecule`, bonds: Union[Tensor, str] = 'h-bonds', potential: :class`sponge.potential.PotentialCell` = None, **kwargs)[源代码]

LINCS 约束控制器。

参数：

  • system ( sponge.system.Molecule) - 模拟系统。

  • bonds (Union[Tensor, str], 可选) - 需要优化的所有化学键。这个变量可以接收一个shape为 \((B,2)\) 的数据类型为int的Tensor、 "h-bonds"``字符串或者 ``"all-bonds"。默认值： "h-bonds"。

  • potential ( sponge.potential.PotentialCell, 可选) - 系统的势能函数。默认值： None。

  • kwargs - 关键字参数。

输入：

  • coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。

  • velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • step (int) - 模拟步数。默认值： 0。

输出：

  • coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

  • pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge import Molecule
>>> from sponge.control import Lincs
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> controller = Lincs(system)