sponge.control.VelocityVerlet
- class sponge.control.VelocityVerlet(system: :class:`sponge.system.Molecule`, thermostat: :class:`sponge.control.Thermostat` = None, barostat: :class:`sponge.control.Barostat` = None, constraint: :class:`sponge.control.Constraint` = None, **kwargs)[源代码]
基于middle scheme的速度verlet积分器。
参考文献 Zhang, Z.; Liu, X.; Chen, Z.; Zheng, H.; Yan, K.; Liu, J. A Unified Thermostat Scheme for Efficient Configurational Sampling for Classical/Quantum Canonical Ensembles via Molecular Dynamics. The Journal of Chemical Physics, 2017, 147(3).
- 参数：
system (
sponge.system.Molecule) - 模拟体系。thermostat (
sponge.control.Thermostat, 可选) - 用于温度耦合的恒温器。默认值：None。barostat (
sponge.control.Barostat, 可选) - 用于压力耦合的气压调节器。默认值：None。constraint (
sponge.control.Constraint, 可选) - 约束算法。默认值：None。
- 输入：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, , D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
step (int) - 模拟步数。默认值：
0。
- 输出：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
- 支持平台：
AscendGPU
样例：
>>> from sponge import Molecule >>> from sponge.control import VelocityVerlet >>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml') >>> controller = VelocityVerlet(system)