sponge.control.Brownian

class sponge.control.Brownian(system: :class:`sponge.system.Molecule`, temperature: float = 300, friction_coefficient: float = 1e3, **kwargs)

布朗积分器。

参数：

• system ( sponge.system.Molecule) - 模拟系统。

• temperature (float, 可选) - 模拟温度，单位K。默认值： 300.0。

• friction_coefficient (float, 可选) - 摩擦系数，单位(amu/ps)。默认值： 1e3。

• kwargs (dict)- 关键字参数。

输入：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• step (int) - 模拟步数。默认值： 0。

输出：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge import Molecule
>>> from sponge.control import Brownian
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> controller = Brownian(system)

set_thermostat(thermostat: None = None)

给积分器设置恒温器算法。

参数：

• thermostat (None) - 设置恒温器算法，sponge.control.Brownian 积分器中恒温器算法只能是 None。默认值： None。

set_barostat(barostat: None = None)

给积分器设置恒压器算法。

参数：

• barostat (None) - 设置恒压器算法，sponge.control.Brownian 积分器中恒压器算法只能是 None。默认值： None。

set_constraint(constraint: None = None, num_constraints: int = 0)

给积分器设置约束算法。

参数：

• constraint (None) - 设置约束算法， sponge.control.Brownian`积分器中约束算法只能是 ``None`。默认值： None。

• num_constraints (int) - 约束数目。默认值： 0。

set_time_step(dt)

设置模拟单步时间。

参数：

• dt (float) - 单步所需时间。

property temperature

返回模拟温度。

返回：

• Tensor，模拟温度。