sponge.control.AndersenBarostat
- class sponge.control.AndersenBarostat(system: :class:`sponge.system.Molecule`, pressure: float = 1, anisotropic: bool = False, control_step: int = 1, compressibility: float = 4.6e-5, time_constant: float = 1., **kwargs)[源代码]
Andersen（弱耦合）气压调节器，是
sponge.control.Barostat的子类。参考文献 Andersen, Hans Christian., Molecular dynamics simulations at constant pressure and/or temperature., Journal of Chemical Physics, 1980.
- 参数：
system (
sponge.system.Molecule) - 模拟系统。pressure (float, 可选) - 压力耦合参考压力 \(P_ref\) 。 单位是 \(bar\) 。默认值：
1.0。anisotropic (bool, 可选) - 是否执行各向异性压力控制。默认值：
False。control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值：
1。compressibility (float, 可选) - 等温压缩率 \(\beta\) 。单位是 \(bar^{-1}\) 。默认值：
4.6e-5。time_constant (float, 可选) - 压力耦合的时间常数 \(\tau_p\) 。单位是皮秒。默认值：
1.0。kwargs (dict) - 关键字参数。
- 输入：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
step (int) - 模拟步数。默认值：
0。
- 输出：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
- 支持平台：
AscendGPU
样例：
>>> from sponge import Molecule >>> from sponge.control import AndersenBarostat >>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml') >>> controller = AndersenBarostat(system)