sponge.control.AndersenBarostat

class sponge.control.AndersenBarostat(system: :class:`sponge.system.Molecule`, pressure: float = 1, anisotropic: bool = False, control_step: int = 1, compressibility: float = 4.6e-5, time_constant: float = 1., **kwargs)[源代码]

Andersen（弱耦合）气压调节器，是 sponge.control.Barostat 的子类。

参考文献 Andersen, Hans Christian., Molecular dynamics simulations at constant pressure and/or temperature., Journal of Chemical Physics, 1980.

参数：

system (sponge.system.Molecule) - 模拟系统。
pressure (float, 可选) - 压力耦合参考压力 $P_{r} e f$ 。单位是 $b a r$ 。默认值： 1.0。
anisotropic (bool, 可选) - 是否执行各向异性压力控制。默认值： False 。
control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值： 1。
compressibility (float, 可选) - 等温压缩率 $β$ 。单位是 $b a r^{- 1}$ 。默认值： 4.6e-5。
time_constant (float, 可选) - 压力耦合的时间常数 $τ_{p}$ 。单位是皮秒。默认值： 1.0。
kwargs (dict) - 关键字参数。

输入：

coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 $(B, A, D)$ 的Tensor。数据类型是float。这里 $B$ 是分子模拟中walker的数目， $A$ 是原子数目， $D$ 是模拟系统的空间维数，通常为3。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 $(B, A, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 $(B, A, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 $(B, 1)$ 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 $(B, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 $(B, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 $(B, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
step (int) - 模拟步数。默认值： 0。

输出：

coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 $(B, A, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 $(B, A, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 $(B, A, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 $(B, 1)$ 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 $(B, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 $(B, D)$ 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 $(B, D)$ 的Tensor。数据类型是float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge import Molecule
>>> from sponge.control import AndersenBarostat
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> controller = AndersenBarostat(system)