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sponge.control.BerendsenThermostat

class sponge.control.BerendsenThermostat(system: :class:`sponge.system.Molecule`, temperature: float = 300, control_step: int = 1, time_constant: float = 0.5, scale_min: float = 0.8, scale_max: float = 1.25, **kwargs)

Berendsen(弱耦合)恒温调节器，是`Thermostat <sponge.control.Thermostat>`_的子类。

参考文献 Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R.., Molecular Dynamics with Coupling to an External Bath., The Journal of Chemical Physics, 1984, 81.

参数：

• system ( sponge.system.Molecule) - 模拟系统。

• temperature (float, 可选) - 温度耦合参考温度 $T_{r}ef$ 。单位为开尔文。默认值： 300.0。

• control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值： 1。

• time_constant (float, 可选) - 温度耦合的时间常数。默认值： 0.5。

• scale_min (float, 可选) - 剪裁速度范围因子的最小值。默认值： 0.8。

• scale_max (float, 可选) - 剪裁速度范围因子的最大值。默认值： 1.25。

• kwargs (dict) - 关键字参数。

输入：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。这里 $B$ 是分子模拟中walker的数目， $A$ 是原子数目， $D$ 是模拟系统的空间维数，通常为3。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 $(B,1)$ 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• step (int) - 模拟步数。默认值： 0。

输出：

• coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• velocity (Tensor) - 速度。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• force (Tensor) - 原子力。shape为 $(B,A,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• energy (Tensor) - 能量。shape为 $(B,1)$ 的Tensor。数据类型是float。

• kinetics (Tensor) - 动能。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• virial (Tensor) - 维里。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

• pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 $(B,D)$ 的Tensor。数据类型是float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge import Molecule
>>> from sponge.control import BerendsenThermostat
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> controller = BerendsenThermostat(system)

set_time_step(dt)

设置模拟单步时间。

参数：

• dt (float) - 单步所需时间。