sponge.control.BerendsenThermostat
- class sponge.control.BerendsenThermostat(system: :class:`sponge.system.Molecule`, temperature: float = 300, control_step: int = 1, time_constant: float = 0.5, scale_min: float = 0.8, scale_max: float = 1.25, **kwargs)[源代码]
Berendsen(弱耦合)恒温调节器，是`Thermostat <sponge.control.Thermostat>`_的子类。
参考文献 Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R.., Molecular Dynamics with Coupling to an External Bath., The Journal of Chemical Physics, 1984, 81.
- 参数：
system (
sponge.system.Molecule) - 模拟系统。temperature (float, 可选) - 温度耦合参考温度 \(T_ref\) 。单位为开尔文。默认值：
300.0。control_step (int, 可选) - 控制器执行的步骤间隔。默认值：
1。time_constant (float, 可选) - 温度耦合的时间常数。默认值：
0.5。scale_min (float, 可选) - 剪裁速度范围因子的最小值。默认值：
0.8。scale_max (float, 可选) - 剪裁速度范围因子的最大值。默认值：
1.25。kwargs (dict) - 关键字参数。
- 输入：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。这里 \(B\) 是分子模拟中walker的数目， \(A\) 是原子数目， \(D\) 是模拟系统的空间维数，通常为3。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
step (int) - 模拟步数。默认值：
0。
- 输出：
coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
velocity (Tensor) - 速度。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 的Tensor。数据类型是float。
kinetics (Tensor) - 动能。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
virial (Tensor) - 维里。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
pbc_box (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型是float。
- 支持平台：
AscendGPU
样例：
>>> from sponge import Molecule >>> from sponge.control import BerendsenThermostat >>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml') >>> controller = BerendsenThermostat(system)