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sponge.colvar.CombineCV

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class sponge.colvar.CombineCV(colvar: Union[List[Colvar], Tuple[Colvar]], weights: Union[float, List[float], Tuple[float], Tensor] = 1, offsets: Union[float, List[float], Tuple[float], Tensor] = 0, exponents: Union[float, List[float], Tuple[float], Tensor] = 1, normal: bool = False, periodic_min: Union[float, ndarray, Tensor] = None, periodic_max: Union[float, ndarray, Tensor] = None, periodic_mask: Union[Tensor, ndarray] = None, use_pbc: bool = None, name: str = 'combine')[源代码]

一组 Colvar si 与shape为 (S_1, S_2, …, S_n) 的多项式组合。{S_i}表示集合变量的维度。

S=inwi(sioi)pi
参数:
  • colvar (Union[List[Colvar], Tuple[Colvar]]) - 要组合的 Colvar 数组 si

  • weights (Union[List[float], Tuple[Float], float, Tensor]) - Weights wi 对每组Colvar。如果给定列表或元组,则元素的数量应等于 CVs 的数量。如果给定float或Tensor,则该值将用于所有 Colvar。默认值:1。

  • offsets (Union[List[float], Tuple[Float], float, Tensor]) - Offsets oi 对每组Colvar。如果给定列表或元组,则元素的数量应等于 CVs 的数量。如果给定float或Tensor,则该值将用于所有 Colvar。默认值:0。

  • exponents (Union[List[float], Tuple[Float], float, Tensor]) - Exponents pi 对每组Colvar。如果给定列表或元组,则元素的数量应等于 CVs 的数量。如果给定float或Tensor,则该值将用于所有 Colvar。默认值:1。

  • normal (bool) - 是否将所有权重归一化为 1。默认值: False

  • periodic_min (Union[float, ndarray, Tensor]) - CVs 组合输出的周期性最小值。如果输出不是周期性的,则应为空。默认值: None

  • periodic_max (Union[float, ndarray, Tensor]) - CVs 组合输出的周期性最大值。如果输出不是周期性的,则应为空。默认值: None

  • periodic_mask (Union[Tensor, ndarray]) - 输出周期性的掩码。张量的shape应与输出相同,即 (S_1, S_2, …, S_n) 。默认值: None

  • use_pbc (bool) - 是否使用周期边界条件。如果给出 None ,它将确定是否使用基于是否提供 pbc_box 的周期性边界条件。默认值: None

  • name (str) - 集合变量的名称。默认值:'combine'。

支持平台:

Ascend GPU

set_pbc(use_pbc: bool)[源代码]

设置是否使用周期边界条件。