sponge.colvar.Center

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class sponge.colvar.Center(atoms: Union[AtomsBase, Tensor, ndarray, list], mass: Union[Tensor, ndarray, list] = None, batched: bool = False, keep_in_box: bool = False, keepdims: bool = None, axis: int = - 2, name: str = 'atoms_center')[源代码]

特定原子的中心。

参数：

  • atoms (Union[AtomsBase, Tensor, ndarray, list]) - 特定原子或虚拟原子的shape (…, G, D) 。其中，G表示被平均的原子组的数目。D表示仿真系统的维度。通常为3。

  • mass (Union[Tensor, ndarray, list]) - 用于计算质心（COM）的原子质量数组。张量的shape为 (…, G) 或 (B, …, G) ，数据类型是float。如果为空，则将计算坐标的几何中心。默认值： None。其中，B表示批量大小，即模拟中的步行者数量。

  • batched (bool) - index 和 mass 的第一维度是否为批大小。默认值： False。

  • keep_in_box (bool) - 是否在PBC box中替换坐标。默认值： False。

  • keepdims (bool) - 如果设置为 True，则缩小的轴将保留，以及中心的shape (…, 1, D) 。如果设置为 False，则中心的shape将为 (…, D) 。如果为 None，则其值将根据输入原子：如果秩大于 2，则为 False，否则为 True。默认值： None。

  • axis (int) - 计算位置平均值的轴。默认值：-2。

  • name (str) - Colvar的名称。默认值：'atoms_center'。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> import mindspore as ms
>>> import numpy as np
>>> from mindspore import Tensor
>>> from sponge.colvar import Center
>>> crd = Tensor(np.random.random((4, 3)), ms.float32)
>>> mass = Tensor(np.random.random(4), ms.float32)
>>> atoms = Tensor([0, 2], ms.int32)
>>> ct = Center(atoms, mass[atoms])
>>> ct(crd)
Tensor(shape=[1, 3], dtype=Float32, value=
[[ 7.61003494e-01,  6.70868099e-01,  5.67968249e-01]])
set_mass(mass: Tensor, batched: bool = False)[源代码]

设置原子块。