sponge.colvar.Distance
- class sponge.colvar.Distance(atoms: AtomsBase = None, atoms0: AtomsBase = None, atoms1: AtomsBase = None, vector: Vector = None, use_pbc: bool = None, batched: bool = False, keepdims: bool = None, axis: int = - 2, name: str = 'distance')[源代码]
距离的集合变量。
- 参数：
atoms (AtomsBase) - 用shape为 (…, 3, D) 的原子计算shape为 (…) 或 (…, 1) 的距离。不能与 atoms0 或 atoms1 一起使用。默认值：
None。其中，D表示仿真系统的维度。通常为3。atoms0 (AtomsBase) - shape为 (…, D) 的原子与shape为 (…) 或 (…, 1) 的距离的初始点。必须与 atoms1 一起使用，不能与 atoms 一起使用。默认值：
None。atoms1 (AtomsBase) - shape为 (…, D) 的原子的终点与shape为 (…) 或 (…, 1) 的距离。必须与 atoms0 一起使用，不能与 atoms 一起使用。默认值：
None。vector (Vector) - shape为 (…, D) 的向量与shape为 (…) 或 (…, 1) 的距离。
use_pbc (bool) - 是否在周期边界条件下计算距离。默认值：
None。batched (bool) - 判断以原子为单位的输入索引的第一维是否为批大小。默认值：
False。keepdims (bool) - 如果为 True，则最后一根轴将保留，输出shape为 (…, 1) 。如果为 False，则距离的shape将为 (…) 。如果是 None，则其值将根据向量的秩：如果秩大于 1，则为False，否则为 True。默认值：
None。axis (int) - 沿其取原子坐标的轴，其维度必须为 2。仅在使用 atoms、 atoms0 或 atoms1 初始化时有效。默认值：-2。
name (str) - Colvar的名称。默认值：'distance'。
- 支持平台：
AscendGPU
样例：
>>> from sponge import Sponge >>> from sponge.colvar import Distance >>> from sponge.callback import RunInfo >>> cv_bond = Distance([0, 1]) >>> # system is the Molecule object defined by user. >>> # energy is the Energy object defined by user. >>> # opt is the Optimizer object defined by user. >>> md = Sponge(system, potential=energy, optimizer=opt, metrics={'bond': cv_bond}) >>> run_info = RunInfo(1000) >>> md.run(2000, callbacks=[run_info]) [MindSPONGE] Started simulation at 2024-02-19 15:43:11 [MindSPONGE] Step: 1000, E_pot: -117.30916, bond: 1.4806036 [MindSPONGE] Step: 2000, E_pot: -131.60872, bond: 1.4821533 [MindSPONGE] Finished simulation at 2024-02-19 15:44:03 [MindSPONGE] Simulation time: 51.27 seconds.