sponge.colvar.AtomsBase

class sponge.colvar.AtomsBase(keep_in_box: bool = False, dimension: int = 3, name: str = 'atoms')

特定原子组的基类，用作MindSPONGE中的“原子组模块”。

AtomsBase 单元是 Colvar 的一个特殊子类。它的shape (a_1, a_2, …, a_n, D) ，其中D是原子坐标的维度（通常为 3）。与 Colvar Cell 一样，当它需要作为shape (B, A, D) 的输入坐标，它返回具有额外维度 B 的张量的shape，即 (B, a_1, a_2, … , a_n, D) 。其中，B代表批量大小，即模拟中的步行者数量。{a_i}代表特定原子的维度。

参数：

• keep_in_box (bool) - 是否在PBC box中替换坐标。默认值： False。

• dimension (int) - 仿真系统的空间维度。默认值：3。

• name (str) - Colvar的名字。默认值：'atoms'。

支持平台：

Ascend GPU

coordinate_in_pbc(coordinate: Tensor, pbc_box: Tensor = None)

置换PBC box中的坐标。

get_unit(units: Units = None)

集合变量的返回单位。

property ndim

原子组的秩（维数）。

reshape(input_shape: tuple)

重新排列原子的shape。

set_dimension(dimension: int = 3)

设置模拟系统的空间维度。

property shape

获取原子的shape。