sponge.colvar.FunctionCV

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class sponge.colvar.FunctionCV(colvar: Union[Colvar, List[Colvar], Tuple[Colvar]], function: Callable, periodic: bool, shape: Tuple[int] = None, unit: str = None, use_pbc: bool = None, name: str = 'function')[源代码]

组合一组集合变量(CVs)的复合 Colvar \({s_i(R)}\) 使用自定义函数 \(f(s_1(R), s_2(R), ..., s_i(R))\)

\[S = f(s_1(R), s_2(R), ... s_i(R))\]
参数:
  • colvar (Union[Colvar, List[Colvar], Tuple[Colvar]]) - 要组合的集合变量 \({s_i(R)}\)

  • function (callable) - 自定义函数 \(f(s_1(R), s_2(R), ... s_i(R))\)

  • periodic (bool) - 自定义集合变量是否为周期性变量。

  • shape (tuple) - 自定义集合变量的形状。如果给出空并且所有 CVs 都在 colvar 中具有相同的shape,然后它将被分配shape。如果每个 CVs 的shape在 colvar 中不完全一样,必须设置 shape。默认值: None

  • unit (str) - 集合变量的单位。默认值: None。注意:这不是包裹长度和能量的 Units 单元格。

  • name (str) - 集合变量的名称。默认值:'combine'。

支持平台:

Ascend GPU

set_pbc(use_pbc: bool)[源代码]

设置是否使用周期边界条件。