sponge.colvar.BatchedAtoms
- class sponge.colvar.BatchedAtoms(index: Union[Tensor, ndarray, List[int]], keep_in_box: bool = False, dimension: int = 3, name: str = 'atoms')[源代码]
Atoms Cell 的批处理版本。它是 Atoms 的一个子类。
BatchedAtoms 的 index shape为 (B, a_1, a_2, … , a_n) ，而 Atoms Cell的 index shape应该是 (a_1, a_2, … , a_n) 。原子索引的batch size B 应与模拟系统的batch size一致。返回的 Atoms 单元张量的shape是 (B, a_1, a_2, … , a_n, D) 。其中，{a_i}表示原子单元的维度。D表示仿真系统的维度，通常为3。
- 参数：
index (Union[Tensor, ndarray, List[int]]) - 特定原子的索引数组。张量的shape是 (B, a_1, a_2, … , a_n) ，并且数据类型为int。
keep_in_box (bool) - 是否在PBC框中替换坐标。默认值：
False。dimension (int) - 仿真系统的空间维度。默认值：3。
name (str) - Colvar的名字。默认值：'atoms'。
- 支持平台：
AscendGPU