sponge.colvar.Group

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class sponge.colvar.Group(atoms: Union[List[AtomsBase], Tuple[AtomsBase]], batched: bool = False, keep_in_box: bool = False, axis: int = 1, name: str = 'atoms_group')[源代码]

原子组。

参数:
  • atoms (Union[List[AtomsBase], Tuple[AtomsBase]]) - AtomsBase列表。成员应该是 AtomsBase 的子类。

  • batched (bool) - 索引的第一个维度是否为批大小。默认值: False

  • keep_in_box (bool) - 是否在PBC box中替换坐标。默认值: False

  • axis (int) - 计算位置平均值的axis。

  • name (str) - Colvar的名称。默认值:'atoms_group'。

支持平台:

Ascend GPU