sponge.colvar.Vector

class sponge.colvar.Vector(atoms: AtomsBase = None, atoms0: AtomsBase = None, atoms1: AtomsBase = None, batched: bool = False, use_pbc: bool = None, keepdims: bool = None, axis: int = - 2, name: str = 'vector')

特定原子或虚拟原子之间的向量。

参数：

• atoms (AtomsBase) - shape为 (…, 2, D) 的原子形成shape为 (…, D) 或 (…, 1, D) 的向量。不能与 atoms0 或 atoms1 一起使用。默认值： None。其中，D表示仿真系统的维度。通常为3。

• atoms0 (AtomsBase) - shape为 (…, D) 的原子的初始点形成shape (…, D) 的向量。 必须与 atoms1 一起使用，不能与 atoms 一起使用。默认值： None。

• atoms1 (AtomsBase) - shape为 (…, D) 的原子的端点，形成shape为 (…, D) 的向量。必须与 atoms0 一起使用，不能与 atoms 一起使用。默认值： None。

• batched (bool) - 索引的第一个维度是否为批大小。默认值： False。

• use_pbc (bool) - 是否在周期边界条件下计算距离。默认值： None。

• keepdims (bool) - 如果设置为 True，则取自 atoms 的轴将保留，向量的shape将是 (…, 1, D) 。如果设置为 False，则向量的shape将为 (…, D) 。如果为 None，则其值将根据输入原子：如果秩大于 2，则为False，否则为 True。仅在使用 atoms 初始化时有效。默认值： None。

• axis (int) - 沿其取原子坐标的轴，其维度必须为 2。它仅在使用 atoms 初始化时有效。默认值：-2。

• name (str) - Colvar的名称。默认值：'vector'。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> import mindspore as ms
>>> import numpy as np
>>> from mindspore import Tensor
>>> from sponge.colvar import Vector
>>> crd = Tensor(np.random.random((4, 3)), ms.float32)
>>> crd
Tensor(shape=[4, 3], dtype=Float32, value=
[[ 2.47492954e-01,  9.78153408e-01,  1.44034222e-01],
[ 2.36211464e-01,  3.35842371e-01,  8.39536846e-01],
[ 8.82235169e-01,  5.98322928e-01,  6.68052316e-01],
[ 7.17712820e-01,  4.72498119e-01,  1.69098437e-01]])
>>> vc02 = Vector(atoms0=[0], atoms1=[2])
>>> vc02(crd)
Tensor(shape=[1, 3], dtype=Float32, value=
[[ 6.34742200e-01, -3.79830480e-01,  5.24018109e-01]])

property ndim

向量的秩（维数）。

property shape

向量的shape。