sponge.potential.PotentialCell

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class sponge.potential.PotentialCell(num_energies: int = 1, energy_names: Union[str, List[str]] = 'potential', length_unit: str = None, energy_unit: str = None, use_pbc: bool = None, name: str = 'potential', **kwargs)[源代码]

势能的基类。

PotentialCellEnergyCell 的一个特殊子类。普通的 EnergyCell 只输出一个能量项,所以 EnergyCell 返回一个shape为 (B, 1) 的Tensor。 PotentialCell 能够返回多个能量项,所以它的返回值是shape为 \((B, E)\) 的Tensor。除此之外,默认情况下, 'PotentialCell' 的单位等于全局单位。

说明

  • B - 批处理大小,用于模拟的walkers数目

  • E - 能量条目数

参数:
  • num_energies (int) - 输出的能量项的数量。默认值: 1

  • energy_names (Union[str, List[str]]) - 能量项的名字。默认值: "potential"

  • length_unit (str) - 长度单位。如果未被给出,则使用全局长度单位。默认值: None

  • energy_unit (str) - 能量单位。如果未被给出,则使用全局能量单位。默认值: None

  • use_pbc (bool) - 是否使用周期性边界条件。如果为None,则不使用周期性边界条件。默认值: None

  • name (str) - 能量的名字。默认值: "potential"

  • kwargs (dict) - 其他参数字典。

输入:
  • coordinates (Tensor) - 系统中原子的位置坐标。shape为 \((B, A, D)\) 的Tensor。数据类型为float。

  • neighbour_index (Tensor) - 相邻原子的目录。shape为 \((B, A, N)\) 的Tensor。数据类型为int。默认值: None

  • neighbour_mask (Tensor) - 相邻原子的掩码。shape为 \((B, A, N)\) 的Tensor。数据类型为bool。默认值: None

  • neighbour_vector (Tensor) - 从中心原子指向相邻原子的向量。shape为 \((B, A, N, D)\) 的Tensor。数据类型为bool。默认值: None

  • neighbour_distances (Tensor) - 相邻原子之间的距离。shape为 \((B, A, N)\) 的Tensor。数据类型为float。默认值: None

  • pbc_box (Tensor) - PBC box。shape为 \((B, D)\) 的Tensor。数据类型为float。默认值: None

输出:

势,shape为 \((B, E)\) 的Tensor。数据类型为float。

支持平台:

Ascend GPU

property energy_names

获取能量名称的列表。

返回:

list[str],能量名称的列表。

property exclude_index

排除索引。

返回:

Tensor。排除索引。

property num_energies

获取能量分量的数量。

返回:

int,能量分量的数量。

set_exclude_index(exclude_index: Tensor)[源代码]

设置排除索引。

参数:
  • exclude_index (Tensor) - 应该从非键相互作用中被排除的原子的索引。

返回:

Tensor,排除索引。

set_pbc(use_pbc: bool = None)[源代码]

设置是否使用周期性边界条件PBC。

参数:
  • use_pbc (bool) - 是否使用周期性边界条件。