sponge.control.VelocityVerlet ================================= .. image:: https://mindspore-website.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/website-images/master/resource/_static/logo_source.svg :target: https://gitee.com/mindspore/mindscience/blob/master/MindSPONGE/docs/api/api_python/control/sponge.control.VelocityVerlet.rst :alt: 查看源文件 .. py:class:: sponge.control.VelocityVerlet(system: :class:`sponge.system.Molecule`, thermostat: :class:`sponge.control.Thermostat` = None, barostat: :class:`sponge.control.Barostat` = None, constraint: :class:`sponge.control.Constraint` = None, **kwargs) 基于middle scheme的速度verlet积分器。 参考文献 Zhang, Z.; Liu, X.; Chen, Z.; Zheng, H.; Yan, K.; Liu, J. A Unified Thermostat Scheme for Efficient Configurational Sampling for Classical/Quantum Canonical Ensembles via Molecular Dynamics. The Journal of Chemical Physics, 2017, 147(3). 参数: - **system** ( :class:`sponge.system.Molecule`) - 模拟体系。 - **thermostat** ( :class:`sponge.control.Thermostat`, 可选) - 用于温度耦合的恒温器。默认值: ``None``。 - **barostat** ( :class:`sponge.control.Barostat`, 可选) - 用于压力耦合的气压调节器。默认值: ``None``。 - **constraint** ( :class:`sponge.control.Constraint`, 可选) - 约束算法。默认值: ``None``。 输入: - **coordinate** (Tensor) - 坐标。shape为 :math:`(B, , D)` 的Tensor。数据类型是float。这里 :math:`B` 是分子模拟中walker的数目, :math:`A` 是原子数目, :math:`D` 是模拟系统的空间维数,通常为3。 - **velocity** (Tensor) - 速度。shape为 :math:`(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **force** (Tensor) - 原子力。shape为 :math:`(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **energy** (Tensor) - 能量。shape为 :math:`(B, 1)` 的Tensor。数据类型是float。 - **kinetics** (Tensor) - 动能。shape为 :math:`(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **virial** (Tensor) - 维里。shape为 :math:`(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **pbc_box** (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 :math:`(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **step** (int) - 模拟步数。默认值: ``0``。 输出: - **coordinate** (Tensor) - 坐标。shape为 :math:`(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **velocity** (Tensor) - 速度。shape为 :math:`(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **force** (Tensor) - 原子力。shape为 :math:`(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **energy** (Tensor) - 能量。shape为 :math:`(B, 1)` 的Tensor。数据类型是float。 - **kinetics** (Tensor) - 动能。shape为 :math:`(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **virial** (Tensor) - 维里。shape为 :math:`(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **pbc_box** (Tensor) - 周期性边界条件盒子。shape为 :math:`(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 .. py:method:: set_velocity_half(velocity_half) 在前半步设置速度。 参数: - **velocity_half** (Tensor) - 前半步的速度。 返回: bool。是否成功设置速度。