mindsponge.common.get_aligned_seq

mindsponge.common.get_aligned_seq(gt_seq, pr_seq)

输入两条蛋白质序列，对序列进行对齐，分别输出对齐后的序列以及两条序列的相同位置（顺序无要求）。

参数：

• gt_seq (str) - 一条蛋白质序列，如”ABAAABAA”。

• pr_seq (str) - 需要比对的另外一条序列，如”AAABBBA”。

返回：

• aligned_gt_seq (str) 一条蛋白质序列。

• aligned_info (str) 两条序列的不同点。

• aligned_pr_seq (str) 另一条蛋白质序列。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from mindsponge.common import get_aligned_seq
>>> gt_seq = "ABAAABAA"
>>> pr_seq = "AAABBBA"
>>> aligned_gt_seq, aligned_info, aligned_pr_seq = get_aligned_seq(gt_seq, pr_seq)
>>> print(aligned_gt_seq)
ABAAABAA
>>> print(aligned_info)
|-||.|.|
>>> print(aligned_pr_seq)
A-AABBBA