mindsponge.common.get_pdb_info

mindsponge.common.get_pdb_info(pdb_path)[源代码]

从pdb文件中获取原子坐标，残基序号等信息。针对蛋白质全原子坐标编码分为两种形式：分别为稀疏编码和稠密编码，详见： common.make_atom14_positions。本函数提供使用以上两种编码方式获取的蛋白质特征信息。

参数：

  • pdb_path (str) - 输入pdb文件的路径。

返回：

dict，包含以下key值

  • aatype (numpy.array) 蛋白质一级序列编码，编码方式参考 common.residue_constants.restype_order， 取值范围 \([0,20]\) ，若为20表示该氨基酸为unkown（UNK）。 shape \((N_{res}, )\) 。

  • all_atom_positions (numpy.array) pdb文件对应蛋白质序列所有原子坐标。 shape \((N_{res}, 37)\) 。

  • all_atom_mask (numpy.array) 蛋白质所有原子坐标掩码。shape \((N_{res}, 37)\) ，若对应位置为0则表示该氨基酸不含该原子坐标。

  • atom14_atom_exists (numpy.array) 按照稠密编码方式编码，蛋白质全原子掩码，有原子位置为1，无原子位置为0。shape \((N_{res}, 14)\) 。

  • atom14_gt_exists (numpy.array) 按照稠密编码方式编码，蛋白质全原子掩码，默认与atom14_atom_exists一致。shape \((N_{res}, 14)\) 。

  • atom14_gt_positions (numpy.array) 按照稠密编码方式编码，蛋白质全原子坐标。shape \((N_{res}, 14, 3)\) 。

  • residx_atom14_to_atom37 (numpy.array) 稀疏编码方式原子在稠密编码方式中的索引映射。shape \((N_{res}, 14)\) 。

  • residx_atom37_to_atom14 (numpy.array) 稠密编码方式原子在稀疏编码方式中的索引映射。shape \((N_{res}, 37)\) 。

  • atom37_atom_exists (numpy.array) 按稀疏编码方式编码，蛋白质全原子掩码信息，有原子位置为1，无原子位置为0。shape \((N_{res}, 37)\) 。

  • atom14_alt_gt_positions (numpy.array) 按稠密编码方式编码，因手性蛋白对应全原子坐标。shape \((N_{res}, 14, 3)\) 。

  • atom14_alt_gt_exists (numpy.array) 按照稠密编码方式编码，对应手性蛋白全原子掩码。shape \((N_{res}, 14)\) 。

  • atom14_atom_is_ambiguous (numpy.array) 由于部分氨基酸结构具有局部对称性，其对称原子编码可调换，具体原子参考 common.residue_atom_renaming_swaps 该特征记录了原子不确定的编码位置。shape \((N_{res}, 14)\) 。

  • residue_index (numpy.array) 蛋白质序列编码index信息，大小从1到 \(N_{res}\) 。shape \((N_{res}, )\) 。

符号:

  • \(N_{res}\) - 蛋白质中氨基酸个数，按蛋白质一级序列排列。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from mindsponge.common import get_pdb_info
>>> pdb_path = "YOUR PDB PATH"
>>> pdb_feature = get_pdb_info(pdb_path)
>>> for feature in pdb_feature:
>>>     print(feature, pdb_feature[feature])
# Nres represents the Amino acid num of the input pdb.
aatype (Nres,)
all_atom_positions (Nres, 37, 3)
all_atom_mask (Nres, 37)
atom14_atom_exists (Nres, 14)
atom14_gt_exists (Nres, 14)
atom14_gt_positions (Nres, 14, 3)
residx_atom14_to_atom37 (Nres, 14)
residx_atom37_to_atom14 (Nres, 37)
atom37_atom_exists (Nres, 37)
atom14_alt_gt_positions (Nres, 14, 3)
atom14_alt_gt_exists (Nres, 14)
atom14_atom_is_ambiguous (Nres, 14)
residue_index (Nres, )