mindsponge.metrics.backbone

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mindsponge.metrics.backbone(traj, backbone_affine_tensor, backbone_affine_mask, fape_clamp_distance, fape_loss_unit_distance, use_clamped_fape)[源代码]

调用 frame_aligned_point_error_map 实现骨架全原子损失函数计算 Jumper et al. (2021) Suppl. Alg. 20 "StructureModule" line 17.

参数：

  • traj (Tensor) - Structure模块预测的一系列骨架局部坐标系（轨迹），shape为 \((N_{recycle}, N_{res}, 7)\) ，其中 \(N_{recycle}\) 是Structure模块中的循环次数， \(N_{res}\) 是蛋白质中的残基数目，对于最后一维，前四个分量是表征旋转的四元数，代表局部坐标系相对全局坐标系的旋转，后三个分量是三维空间的平移。

  • backbone_affine_tensor (Tensor) - 真实的的骨架局部坐标系，shape为 \((N_{res}, 7)\) 。

  • backbone_affine_mask (Tensor) - 骨架局部坐标系的mask，shape为 \((N_{res},)\) 。

  • fape_loss_unit_distance (float) - 单位距离，用于缩放距离的差，常量。

  • fape_clamp_distance (float) - 距离误差的截断点，超过该距离时梯度不再考虑，常量。

  • use_clamped_fape (float) - 是否截断截断距离误差， 0 或者 1， 0 代表不截断。

返回：

  • fape (list) - Tensor。计算所得Structure模块最后一次迭代输出的结构的全原子点位置误差，如果use_clamped_fape为1，则计算过程中过大的误差会被截断。shape为 \(()\) 。

  • loss (list) - Tensor。计算所得Structure模块所有迭代输出的结构的全原子点位置误差的均值，如果use_clamped_fape为1，则计算过程中过大的误差会被截断。shape为 \(()\) 。

  • no_clamp (list) - Tensor。计算所得Structure模块最后一次迭代输出的结构的全原子点位置误差，没有截断。shape为 \(()\) 。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> import numpy as np
>>> np.random.seed(0)
>>> from mindsponge.metrics import backbone
>>> from mindspore import dtype as mstype
>>> from mindspore import Tensor
>>> traj = Tensor(np.random.rand(8, 256, 7)).astype(mstype.float32)
>>> backbone_affine_tensor = Tensor(np.random.rand(256, 7)).astype(mstype.float32)
>>> backbone_affine_mask = Tensor(np.random.rand(256,)).astype(mstype.float16)
>>> fape_clamp_distance = 10.0
>>> fape_loss_unit_distance = 10.0
>>> use_clamped_fape = 1
>>> fape, loss, noclamp = backbone(traj, backbone_affine_tensor, backbone_affine_mask,
...                                fape_clamp_distance, fape_loss_unit_distance, use_clamped_fape)
>>> print(fape, loss, noclamp)
0.12813742 0.12904957 0.12813742