sponge.core.AnalysisCell

class sponge.core.AnalysisCell(system: Molecule, potential: PotentialCell, neighbour_list: NeighbourList = None)[源代码]

用于分析的模块。

参数：

system (sponge.system.Molecule) - 模拟系统。
potential (sponge.potential.PotentialCell) - 势能。
neighbour_list (sponge.partition.NeighbourList, 可选) - 邻居列表。默认: None。

输入：

coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 。数据类型为 float。这里的 \(B\) 是batch size， \(A\) 是原子数量，而 \(D\) 是模拟系统的空间维度，通常为3。
pbc_box (Tensor) - PBC边界条件。shape为 \((B, D)\) 。数据类型为 float。
energy (Tensor) - 能量。shape为 \((B, 1)\) 。数据类型为 float。
force (Tensor) - 原子力。shape为 \((B, A, D)\) 。数据类型为 float。
potentials (Tensor, 可选) - 力场来源的原始势能。shape为 \((B, U)\) 。这里的 \(U\) 是势能的数量。数据类型为 float。默认： 0。
total_bias (Tensor, 可选) - 用于重加权的总偏置势。shape为 \((B, 1)\) 。数据类型为 float。默认： 0。
biases (Tensor, 可选) - 初始偏置势。shape为 \((B, V)\) 。这里的 \(V\) 是偏置势的数量。数据类型为 float。默认： 0。

输出：

coordinate (Tensor) - 坐标。shape为 \((B, A, D)\) 。数据类型为 float。
pbc_box (Tensor) - PBC边界条件。shape为 \((B, D)\) 。数据类型为 float。
energy (Tensor) - 模拟系统的总势能。shape为 \((B, 1)\) 。数据类型为 float。
force (Tensor) - 模拟系统中每个原子的力。shape为 \((B, A, D)\) 。数据类型为 float。
potentials (Tensor) - 来自力场的势能。shape为 \((B, U)\) 。数据类型为 float。
total_bias (Tensor) - 用于重加权的总偏置势。shape为 \((B, 1)\) 。数据类型为 float。
biases (Tensor) - 偏置势。shape为 \((B, V)\) 。数据类型为 float。

支持平台：

Ascend GPU

样例：

>>> from sponge.system import Molecule
>>> from sponge.potential.forcefield import ForceField
>>> from sponge.core.sponge import Sponge
>>> from sponge.core.analysis import AnalysisCell
>>> system = Molecule(template='water.tip3p.yaml')
>>> potential = ForceField(system, parameters='SPCE')
>>> analysis = AnalysisCell(system, potential)