sponge.system.Residue
- class sponge.system.Residue(atom_name: Union[List[str], ndarray] = None, atom_type: Union[List[str], ndarray] = None, atom_mass: Union[Tensor, ndarray, List[float]] = None, atom_charge: Union[Tensor, ndarray, List[float]] = None, atomic_number: Union[Tensor, ndarray, List[float]] = None, bonds: Union[Tensor, ndarray, List[int]] = None, settle_index: Union[Tensor, ndarray, List[int]] = None, settle_length: Union[Tensor, ndarray, List[float]] = None, settle_unit: str = None, head_atom: int = None, tail_atom: int = None, start_index: int = 0, name: str = 'MOL', template: Union[dict, str] = None, length_unit: str = None, **kwargs)[源代码]
残基的基类。 Residue 神经元是 Molecule (system) 的组成部分。 Residue 不止可以代表单一的氨基酸残基，还可以代表分子系统中的一个小分子，例如一个水分子，一个无机盐离子等。这代表着 Residue 和PDB文件中的 "residue" 有着相似的概念。
说明
Residue 只用来表示原子属性和键连接关系，不包含原子坐标。
- 参数：
atom_name (Union[List[str], ndarray]) - 原子名称的array，数据类型为str。默认值：
None。atom_type (Union[List[str], ndarray]) - 原子种类的array，数据类型为str。默认值：
None。atom_mass (Union[Tensor, ndarray, List[float]]) - 原子质量的array，shape为 \((B, A)\) ，数据类型为float。默认值：
None。atom_charge (Union[Tensor, ndarray, List[float]]) - 原子电荷的array，shape为 \((B, A)\) ，数据类型为float。默认值：
None。atomic_number (Union[Tensor, ndarray, List[float]]) - 原子序数的array，shape为 \((B, A)\) ，数据类型为float。默认值：
None。bonds (Union[Tensor, ndarray, List[int]]) - 键连的array，shape为 \((B, b, 2)\) ，数据类型为int。默认值为：
None。settle_index (Union[Tensor, ndarray, List[int]]) - 用于SETTLE限制算法的原子序数的array，shape为 \((B, 3)\) ，数据类型为int。索引的顺序是订点原子和两个基原子。默认值为：
None。settle_length (Union[Tensor, ndarray, List[float]]) - 用于SETTLE限制算法的长度array，shape为 \((B, 2)\) ，数据类型为int。索引的顺序是leg和base。默认值为：
None。settle_unit (str) - 用于SETTLE限制算法的单位。默认值：
None。head_atom (int) - 与前一个残基相连接的头原子的索引。默认值：
None。tail_atom (int) - 与下一个残基相连的尾原子的索引。默认值：
None。start_index (int) - 残基中第一个原子的开始索引。默认值：0。
name (str) - 残基名称。默认值：'MOL'。
template (Union[dict, str]) - 残基的模板。默认值：
None。length_unit (str) - 长度单位。默认值：
None。kwargs (dict) - 其他参数字典
- 符号：
B - Batch size。
A - 原子总数。
b - 键总数。
- add_atom(atom_name: str = None, atom_type: str = None, atom_mass: float = None, atom_charge: float = None, atomic_number: str = None)[源代码]
把一个原子添加到残基中。
- 参数：
atom_name (str) - 原子名称。默认值：
None。atom_type (str) - 原子种类。默认值：
None。atom_mass (float) - 原子质量。默认值：
None。atom_charge (float) - 原子电荷数。默认值：
None。atomic_number (str) - 原子序数。默认值：
None。
- build_atom_charge(template: dict)[源代码]
按照模板中原子名称对应的原子索引，获取模板对应索引的原子电荷数并加到残基对应原子上。
- 参数：
template (dict) - 残基的模板。
- build_atom_mass(template: dict)[源代码]
按照模板中原子名称对应的原子索引，获取模板对应索引的原子质量并加到残基对应原子上。
- 参数：
template (dict) - 残基的模板。
- build_atom_type(template: dict)[源代码]
按照模板中原子名称对应的原子索引，获取模板对应索引的原子种类并加到残基对应原子上。
- 参数：
template (dict) - 残基的模板。
- build_atomic_number(template: dict)[源代码]
按照模板中原子名称对应的原子索引，获取模板对应索引的原子数并加到残基对应原子上。
- 参数：
template (dict) - 残基的模板。
- build_bond(template: dict)[源代码]
按照模板中原子名称对应的原子索引，获取模板对应索引的原子的化学键并加到残基对应原子上。
- 参数：
template (dict) - 残基的模板。
- build_settle(template: dict)[源代码]
按照模板中原子类型对应的原子索引，为SETTLE算法获取模板对应索引和长度并加到残基对应原子上。
- 参数：
template (dict) - 残基的模板。
- property name
获取残基的名称。
- 返回：
str，残基名称。