sponge.colvar.AllAtoms ============================ .. image:: https://mindspore-website.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/website-images/master/resource/_static/logo_source.svg :target: https://gitee.com/mindspore/mindscience/blob/master/MindSPONGE/docs/api/api_python/colvar/sponge.colvar.AllAtoms.rst :alt: 查看源文件 .. py:class:: sponge.colvar.AllAtoms(system=None, num_atoms: int = None, keep_in_box: bool = False, dimension: int = 3, name: str = 'all_atoms') 模拟系统的所有原子。 参数: - **system** (Molecule) - 模拟系统。默认值: ``None``。 - **num_atoms** (int) - 原子的数量。当 `system` 为空时,必须给出原子的数量。默认值: ``None``。 - **keep_in_box** (bool) - 是否在PBC框中替换坐标。默认值: ``False``。 - **dimension** (int) - 仿真系统的空间维度。默认值:3。 - **name** (str) - Colvar 的名称。默认值:'all_atoms'。