mindspore_gl.dataset.PPI ======================== .. py:class:: mindspore_gl.dataset.PPI(root) PPI数据集,用于读取和解析PPI数据集的源数据集。 有关PPI数据集: 蛋白质在各种蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图中的作用——就其细胞功能而言——在各种蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图中,每个图对应于不同的人类组织。使用位置基因集,基序基因集和免疫学特征作为特征,基因本体集作为标签(总共121个),从分子特征数据库收集。平均图包含2373个节点,平均度为28.8。 数据: - 图: 24 - 节点: ~2245.3 - Edges: ~61,318.4 - 类的数量: 121 - 标签分类: - Train examples: 20 - Valid examples: 2 - Test examples: 2 下载地址:`PPI `_ 。 您可以将数据集文件组织到以下目录结构中,并通过 `preprocess` API读取。 .. code-block:: . └── ppi ├── valid_feats.npy ├── valid_labels.npy ├── valid_graph_id.npy ├── valid_graph.json ├── train_feats.npy ├── train_labels.npy ├── train_graph_id.npy ├── train_graph.json ├── test_feats.npy ├── test_labels.npy ├── test_graph_id.npy └── test_graph.json 参数: - **root** (str) - 包含pi_with_mask.npz的根目录路径。 异常: - **TypeError** - 如果 `root` 不是str。 - **RuntimeError** - 如果 `root` 不包含数据文件。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.graph_count :property: 图的总数。 返回: int,图的数量。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.graph_edges :property: 累计图边数。 返回: numpy.ndarray,累积边数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.graph_feat(graph_idx) 图上每个节点的特征。 参数: - **graph_idx** (int) - 图索引。 返回: numpy.ndarray,图的节点特征。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.graph_label(graph_idx) 图上每个节点的真实标签。 参数: - **graph_idx** (int) - 图索引。 返回: numpy.ndarray,图的节点标签。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.graph_nodes :property: 累计图节点数。 返回: numpy.ndarray,累计节点数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.node_feat :property: 节点特性。 返回: numpy.ndarray,节点特征数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.node_label :property: 每个节点的真实标签。 返回: numpy.ndarray,节点标签数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.num_classes :property: 标签类数量。 返回: int,类的数量。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.num_features :property: 每个节点的特征大小。 返回: int,特征大小的数量。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.test_graphs :property: 测试图ID。 返回: numpy.ndarray,测试图ID数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.test_mask :property: 测试节点掩码。 返回: numpy.ndarray,掩码数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.train_graphs :property: 训练图ID。 返回: numpy.ndarray,训练ID数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.train_mask :property: 训练节点掩码。 返回: numpy.ndarray,掩码数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.val_graphs :property: 校验图ID。 返回: numpy.ndarray,校验图ID数组。 .. py:method:: mindspore_gl.dataset.PPI.val_mask :property: 校验节点掩码。 返回: numpy.ndarray,掩码数组。